Origine

A l'origine la commune portait le nom de Sant-Iunan (Saint Breton). 

Le nom de Sant-Iunan est mentionné par Alain III de Rohan dès 1184 dans la charte de fondation de l’abbaye de Bon-Repos. 

Par la suite Saint-Aignan fut adopté. Mais Aignan, évêque d'Orléans au VI Siècle, connu pour avoir combattu Attila et les Huns, n'a sans doute rien à voir avec Iunan (ou Inan) à l'origine du nom d'une petite localité dépendante du Rectorat de Cléguerec. Le nom de Aignan ou Agnan se retrouve d'ailleurs dans le nom d'une trentaine de villes ou villages français.  

L’évêque de Vannes, Saint Morvan, fut probablement enterré sur le territoire de Saint-Aignan au VIIème siècle. 

Sous l’Ancien Régime on trouve des petites seigneuries telles que La Villéon et Du Fou. 

Saint-Aignan est un démembrement de l'ancienne paroisse de Cléguérec. D’abord trêve de la paroisse de Cléguérec, Saint-Aignan est érigé en paroisse en 1802 et en commune en 1790.