A l'origine la commune portait le nom de Saint-Iunan (Saint Breton). Par la suite Saint-Aignan fut adopté. Aignan était évêque d'Orléans au VI Siècle et est connu pour avoir combattu Attila et les Huns. Le nom de Aignan ou Agnan se retrouve d'ailleurs dans le nom d'une trentaine de villes ou villages français. Saint-Aignan est un démembrement de l'ancienne paroisse de Cléguérec. L’évêque de Vannes, Saint Morvan, fut probablement enterré sur le territoire de Saint-Aignan au VIIème siècle.

 Le nom de Saint-Iunan est mentionné par Alain III de Rohan dès 1184 dans la charte de fondation de l’abbaye de Bon-Repos. Sous l’Ancien Régime on trouve des petites seigneuries telles que La Villéon et Du Fou. D’abord trêve de la paroisse de Cléguérec, Saint-Aignan est érigé en paroisse en 1802 et en commune en 1790.

La motte féodale de Motten-Morvan est établie au Corboulo, site où, semble-t-il, se sont établis les Templiers. (Classé Monuments historiques 1995). Le site de la motte féodale est actuellement en cours d'étude et de nettoyage. Le blog de timilin permet de suivre l'évolution du chantier.

Camp protohistorique de Castel-Finans (Classé Monuments historiques en 1971). Ce site remarquable par son emplacement dominant le barrage de guerlédan fut l'une des résidences de Konomor , seigneur puissant régnant sur une grande partie de la Bretagne au VI Siècle. Aujourd'hui il ne reste de visible qu'une ceinture de pierre entourant le site d'environ 4 hectares. Les constructions de l'époque (même celles des puissants) étaient encore construites en bois. Un ouvrage de Gilles Rihouay traitant de Konomor et de Castel-Finans est publié aux éditions des montagnes noires.